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中國農(nóng)科院：成功繪制中國豌豆基因組高質(zhì)量精細(xì)圖譜

來源：工人日報客戶端 ? 2022-09-26 15:22:00

記者從中國農(nóng)科院獲悉，該院作物科學(xué)研究所特色農(nóng)作物優(yōu)異種質(zhì)資源發(fā)掘與創(chuàng)新利用創(chuàng)新團(tuán)隊聯(lián)合國內(nèi)外多家合作單位，成功繪制中國豌豆基因組高質(zhì)量精細(xì)物理圖譜，構(gòu)建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進(jìn)化特征、群體遺傳結(jié)構(gòu)，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質(zhì)創(chuàng)新、育種改良提供了寶貴資源及數(shù)據(jù)支撐。

9月22日，相關(guān)研究成果以長文的形式在線發(fā)表在《自然遺傳學(xué)(Nature Genetics)》雜志上。

豌豆是糧菜飼綠肥兼用的北方一年生和南方越年生冷季食用豆類作物，具有豐富的營養(yǎng)價值和顯著的生態(tài)優(yōu)勢，在世界范圍內(nèi)廣泛種植。然而，豌豆基因組非常大，組裝起來相當(dāng)復(fù)雜，豌豆高質(zhì)量基因組精細(xì)物理圖譜一直未能完成，嚴(yán)重阻礙了豌豆的理論和應(yīng)用研究。

該研究團(tuán)隊利用中國豌豆主栽品種“中豌6號”，基于多種先進(jìn)測序技術(shù)，整合優(yōu)化多種組裝策略，提供了顯著改進(jìn)的豌豆高質(zhì)量精細(xì)物理圖譜和注釋。中豌6號基因組組裝大小約為3.8 Gb，綜合多種基因組組裝評估方法，一致證明該基因組在復(fù)雜重復(fù)區(qū)域和轉(zhuǎn)座子連續(xù)性、準(zhǔn)確性和完整性方面都有優(yōu)異表現(xiàn)。

研究人員還揭示了118 個栽培和野生豌豆種質(zhì)的基因組變異式樣，解決了長期以來關(guān)于豌豆屬物種劃分的爭議，證明埃塞俄比亞豌豆是與野生豌豆和栽培豌豆不同的獨(dú)立物種，為豌豆起源馴化提供了新的見解。

同時，研究構(gòu)建了包含 116 個栽培和野生豌豆種質(zhì)的泛基因組，聚類生成了112,776個泛基因簇，在豌豆屬下不同物種之間顯示出差異顯著的存在/缺失變異(PAV)模式和功能富集。其中，野生豌豆和埃塞俄比亞豌豆中特有的泛基因顯示出明顯不同的功能富集，表明它們在未來作為豌豆育種資源的重要潛力。

該成果的發(fā)表，拓寬了對豌豆巨大基因組背后遺傳學(xué)的了解，為豌豆種質(zhì)資源和育種改良研究提供了寶貴的基因組資源。

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